Program Harmoni: Menuju Inklusi dan Ketahanan, yang dimulai pada Juli 2018, adalah program lima tahun dan dilaksanakan oleh Management Systems International (MSI), bersama dengan Love Frankie dan Search for Common Ground dan bekerja sama dengan berbagai organisasi masyarakat sipil (OMS) Indonesia dan lembaga pemerintah.

Harmoni bertujuan untuk meningkatkan ketahanan masyarakat Indonesia terhadap intoleransi dan ekstremisme berbasis kekerasan (VE) dengan mendukung komunitas dan institusi kunci untuk meningkatkan kesadaran mereka akan risiko terkait. Melalui program ini dikembangkan berbagai alat dan sistem yang lebih efektif untuk memperkuat toleransi dan melawan pengaruh organisasi ekstrim yang berbasis kekerasan serta mendukung upaya reintegrasi mantan anggota dan pendukung organisasi tersebut.

Untuk mencapai tujuannya, Harmoni bekerja melalui dua komponen:
1. Meningkatkan kemampuan masyarakat untuk mengidentifikasi dan mengatasi sikap dan perilaku intoleran dan kekerasan ekstrim
2. Mengembangkan sistem yang efektif untuk mengintegrasi individu dan keluarga yang pernah terpengaruh radikalisasi 

Harmoni bekerja mendukung berbagai mitra di tingkat nasional dan daerah. Mitra ini termasuk lembaga dan administrasi pemerintah tingkat nasional, provinsi, kabupaten, dan masyarakat; LSM; universitas dan lembaga penelitian; perusahaan swasta; kelompok keluarga dan kelompok informal lainnya di tingkat akar rumput. Harmoni memberikan bantuan berupa hibah, dukungan penelitian dan analitik, komunikasi strategis, jaringan, dan bantuan teknis lainnya.