Wahid Institute (kini Wahid Foundation) didirikan pada 7 September 2004, saat dunia masih merasakan dampak tragedi 11 September 2001 di New York dan Indonesia mengalami berbagai konflik agama dan etnis yang memicu kekerasan komunal di berbagai tempat, termasuk di dalam kota-kota besar belahan dunia.   Meskipun Indonesia telah mengalami proses demokratisasi sejak 1998, kekerasan yang tetap muncul dalam berbagai jenis bentuk telah menunjukkan bahwa prinsip demokrasi belum sepenuhnya terakar dalam budaya masyarakat. Banyak faktor yang mempengaruhi hal tersebut, tetapi salah satu faktor yang signifikan adalah peran agama, terutama Islam karena jumlah pengikutnya di dalam negeri, dan juga sifat etnis yang telah membentuk budaya masyarakat. Sementara itu, dunia masih diwarnai oleh ketakutan akan kekerasan, tindakan terorisme, dan gerakan-gerakan yang melawannya.   Wahid Foundation muncul dengan komitmen untuk mewujudkan visi intelektual KH Abdurrahman Wahid dalam memajukan masyarakat Indonesia dan Islam, meningkatkan kesejahteraan rakyat, membangun demokrasi dan keadilan mendasar, serta mempromosikan perdamaian tanpa kekerasan di seluruh dunia.   Pada skala regional dan global, Wahid Foundation memfasilitasi dialog dan pemahaman antara umat Islam dengan umat agama dan suku budaya lain, termasuk dalam konteks dunia Islam dan Barat. Di Indonesia, Wahid Foundation mendorong munculnya pemikir dan aktivis muda yang berpotensi mewujudkan komitmen dan visi Gus Dur. Wahid Foundation menyelenggarakan kegiatan pendidikan untuk pemuda, mengembangkan kapasitas ulama muslim dalam dialog lintas agama, budaya, dan etnis, serta mendorong mereka untuk berperan aktif dalam membangun kesejahteraan ekonomi, keadilan, dan tata kelola yang baik