Kerjasama Indonesia dan Jepang telah terjalin lama, bahkan semenjak sebelum terjalinnya hubungan diplomatik. Tahun 1954, tepat setelah keikutsertaannya dalam Colombo Plan, Jepang untuk pertama kalinya menerima 15 peserta pelatihan dari Indonesia. Sejak hubungan diplomatik terjalin pada tahun 1958 hingga saat ini, Jepang telah memberikan dukungan bagi pembangunan Indonesia secara konsisten. Jepang merupakan negara mitra pembangunan terbesar bagi Indonesia, dimana jumlah bantuan yang disalurkan mencapai 45% dari jumlah kumulatif bantuan pembangunan resmi (ODA) yang diterima oleh Indonesia sejak 1960. Sebaliknya, dari 190 negara dan kawasan yang menerima bantuan Jepang (ODA), Indonesia merupakan negara penerima bantuan terbesar (1960-2015, 11.3%). Hal ini membuktikan betapa pentingnya dan dekatnya hubungan antara kedua negara ini.